Подписи к рисункам
Рис. 1. Распределение числа аллелей по локусам с ди-, три- и тетрануклеотидными повторами.
Замечание. По оси абсцис отложено число различных аллелей, обнаруженных в данном локусе, по оси ординат – процент локусов с данным числом аллелей.
Рис. 2. Распределение дисперсии числа повторов по локусам с ди-, три- и тетрануклеотидными STR.
Замечание. По оси абсцис отложена дисперсия числа повторов в данном локусе. Для каждого STR оценка внутрипопуляционной дисперсии была усреднена по всем 52-м популяциям.
Рис. 3. Кластеризация 52 популяций на плоскости двух первых главных координат (PC1 и PC2),
Замечание 1. Главные координаты получены путем многомерным шкалирования 52х52-матрицы величин FST, оцененым по 377 локусам.
Замечание 2. Большинство популяций указано под номерами (расшифровка – в разделе «Материалы и Методы».
Особые обзначения для популяций: черный ромб (Mozabite), белые ромбы (три выборки Ближнего Востока), белые квадраты (Basques, Sardinian, Orcadian), белые круги (пять остальных выборок из Европы), белые треугольники (популяции алтайской языковой семьи из Восточной Азии), черные треугольники (две популяции Han), звездочка (Kalash), черные кружки (остальные популяции).
Рис. 4. Размещение популяций по другим главным координатам (см. Рис. 3).
А: отделение популяций Южной Африки и Америки в координатах PC4 и PC1;
Б: отделение Океании в координатах PC5 и PC2 (выборки из Южной Африки и Америки не показаны).
Рис. 5. Эволюционное древо популяций: дивергенция основных региональных групп.
Замечание. Время дивергенции определяли на основе меры TD по данным о 374 локусах. Стрелки указывают нижнюю границу времени, прошедшего между соседними точками ветвления (в тыс. лет). Средняя длина поколения, общепринятая при расчетах – 25 лет.
Рис.
1
Локусы
с ди-нуклеотидными повторами
Локусы с три-нуклеотидными повторами
Локусы с тетра-нуклеотидными повторами
Рис.
2
Локусы с ди-нуклеотидными повторами
Локусы с три-нуклеотидными повторами
Локусы с тетра-нуклеотидными повторами
Рис.
3
A
Б
Рис.
4
Рис.
5
Таблица 1. Внутрипопуляционная дисперсия числа повторов в STR-локусах
Items |
Южная Африка |
Западная Евразия |
Восточная Азия |
Океания |
Америка |
|
Охотники-собиратели |
Банту |
|||||
ВПД* в тетра-нукл. локусах** |
3.65 |
3.53
|
3.19
|
2.88
|
2.50
|
2.24
|
ВПД* в три-нукл. локусах |
3.90 |
3.87 |
3.19 |
2.86 |
2.73 |
2.12 |
ВПД* в ди-нукл. локусах |
7.57 |
7.42 |
6.78 |
6.34 |
5.16 |
5.36 |
Гетерозиготность†
|
0.77
|
0.78 |
0.75 |
0.72 |
0.68 |
0.60
|
* ВПД – это внутрипопуляционная дисперсия
** все 274 тетрануклеотидных локуса
† все 377 локусов
Оценки гетерозиготности и дисперсии усреднены по популяциям в каждом регионе.
Таблица 2. Статистики роста численности популяций различных регионов мира
Статистика
|
Популяция
|
|||||
Южная Африка |
Западная Евразия |
Восточная Азия |
Океания |
Америка
|
||
Охотники-собиратели |
Банту |
|||||
Индекс дисбаланса, –ln |
0.215 |
0.385 |
0.319 |
0.241 |
0.084 |
-0.288 |
Индекс экспансии, Sk |
0.024 |
0.177 |
0.148 |
0.117 |
-0.016 |
-0.046
|
Дисперсия числа повторов, V |
3.45 |
3.31 |
2.90 |
2.61 |
2.27 |
2.11
|
Время начала роста числен-ности (kya) |
4.3
|
35.3 |
25.3 |
17.6 |
--- |
---
|
Эффективная численность перед началом роста |
2,609 |
1,883 |
1,760 |
1,688 |
--- |
--- |
Замечание. При оценке времени роста численности и начальной численности популяции предполагали
генетическое равновесие (между мутациями и дрейфом) в исходной популяции, а затем ее быстрый рост.
Вначале оценивали все указанные параметры для каждой популяции в отдельности по 271 локусам с
тетрануклеотидными повторами, а затем их усредняли по популяциям в пределах каждого региона.
Таблица 3. Оценка времени дивергенции основных эволционных ветвей (тысяч лет ± станд. ошибка)
STRs |
Эволюционные ветви |
|||
1 |
2 |
3 |
4 |
|
Тетра-нукл. 271 локусов |
135.9±6.8 65.6±5.3 |
19.8±3.4 |
5.3±2.3 |
3.1±2.7 |
Три-нукл. 58 локусов |
140.2±9.8 70.7±8.2 |
21.7±5.4 |
8.5±6.5 |
9.2±5.1 |
Ди-нукл. 45 локусов |
142.9±17.4 69.8±11.0 |
20.9±7.0 |
1.0±6.6 |
5.8±7.5 |
из: Zhivotovsky (2001), 131 лок. |
134.6±9.4 57.0±8.6 |
19.8±6.5 |
n/a |
n/a |
Замечание. Для того чтобы возможно было сравнить данные этого исследования с данными из
Zhivotovsky (2001), мы объединили популяции Южной Африки (рис. 5) в одну группу.
Южная Африка Зап.Евразия Вост.Азия Америка Океания
1
2
3
4
Таблица 4. Распределение приватных аллелей 377 локусов в различных популяциях
Статистика |
Южная Африка |
Западная Евразия |
Восточная Азия |
Океания |
Америка |
|||
Сан |
Мбути |
Биака |
Банту |
|||||
S3
|
5.71 |
2.93 |
1.75 |
1.29* 1.64**
|
0.40 0.66 |
0.45 0.64 |
0.70 0.74 |
0.26 0.30
|
S4
|
1.25 |
0.69 |
0.61 |
0.21 0.36
|
0.07 0.25 |
0.07 0.16 |
0.21 0.25 |
0.08 0.20 |
* Среднее по популяциям в пределах группы.
** Оценка, полученная объединением всех данных в группе.