- •1. Геномы основных групп организмов: размеры, число генов и их организация. Взаимосвязь организации генома со сложностью организма и особенностями базовых молекулярно-биологических процессов.
- •2. Организация хромосом различных организмов.
- •7. Вилка репликации днк: ферменты и их свойства.
- •8. Стадии репликации.
- •9. Механизм репликации у e.Coli.
- •10. Особенности репликации у эукариот. Ori у дрожжей, их структурно-функциональная организация. Принципы контроля инициации репликации днк эукариот.
- •11. Синтез теломер.
- •12. Повреждения днк в клетке.
- •13. Прямая репарация оснований.
- •14.Механизмы эксцизионной репарации днк (эксцизия нуклеотидов, оснований).
- •15. Репарация ошибок репликации днк (мисмэтч репарация).
- •17.Роль рекомбинационных процессов в репарации повреждений днк. Арест, реверсия и рестарт репликационной вилки.
- •19.Основные типы мобильных генетических элементов эукариот: структура, гены и их продукты.
- •20.Механизм транспозиции ретровирусоподобных ретротранспозонов.
- •21. Общая, или гомологичная, рекомбинация.
- •22.Рекомбинация у бактерий.
- •24.Сайтспецифическая рекомбинация. Молекулярный механизм действия рекомбиназ. Интеграция фага 1 Типы хромосомных перестроек,mосуществляемых при сайтспецифической рекомбинации.
- •26.Промотор прокариот и механизм его распознавания рнк-полимеразой. Альтернативные s-факторы(этого калла нет, но есть не s факторы а сигма, что и описаны ниже). Стадии транскрипционного цикла.
- •27.Промоторы эукариот: размеры, положение, структура и механизм
- •28.Регуляция процесса транскрипции прокариот. Лактозный и триптофановый опероны. Про опероны (изучите как они работают в различных ситуациях, здесь такого нет!!!!)
- •29. Нематричный синтез рнк.
- •30. Информационная рнк, ее структура и функциональные участки, различия у про-и эукариот. Модификация 5'- и 3'-концов транскриптов и ее значение.
- •31. Интроны. Особенности структуры и механизмы сплайсинга. Аутосплайсинг.
- •32. Сплайсинг пре-тРнк.
- •34. Транс-сплайсинг и альтернативный сплайсинг: механизмы, роль, распространение, примеры.
- •35. Процессинг тРнк
- •37. Транспортные рнк: первичная, вторичная и третичная структура, роль модифицированных нуклеотидов.
- •38. Аминоацилирование тРнк. Аминоацил-тРнк-синтетазы, их структура и механизм действия. Специфичность аминоацилирования, механизмы ее контроля.
- •41. Последовательность событий при инициации трансляции эукариот. Белковые факторы, взаимодействующие с рибосомой и с мРнк.
- •42. Механизм элонгации полипептидной цепи в процессе трансляции.
- •44. Ингибиторы синтеза белка
- •45. Молекулярные шапероны семейства Hsp60. Рабочий цикл шаперонина GroEls
- •46. Классы генов теплового шока у b. Subtilis. Рабочий цикл шаперонного комплекса DnaKj-GrpE
- •47. Деградация белка: атф-зависимые протеазы прокариот и 26s-протеасома эукариот. Насчет атф-зависимые протеазы не точно!!!
- •48. Механизм распознавания аномальных белков. Система убиквитинирования белков эукариот
- •49. Секреция белков прокариот: Sec-аппарат и сигнальный пептид (лекция)
- •50. Принципы распределения белков по компартментам клетки эукариот.
- •51. Транспорт белков в митохондрии и хлоропласты, контроль локализации белков внутри этих органелл.
- •52. Устройство и принципы действия бактериальных систем секреции белков.
- •53. Котрансляционная транслокация белка в полость эндоплазматического ретикулума. Srp-частица и ее рецептор.
- •54. Механизм транспорта белков через ядерные поры.
- •5 5. Структура белков-регуляторов транскрипции и механизм их взаимодействия с днк.
- •56. Сенсорные механизмы бактерий. Двухкомпонентные регуляторные системы: принцип действия и примеры. Сигнальные каскады у бактерий.
- •59. Сенсорные механизмы эукариот. Общие принципы детекции и передачи сигнала. Сигнальный путь jak-stat.
- •60.Типы рецепторных протеинкиназ. Механизмы их активации и дальнейшей передачи сигнала. Контроль специфичности сигнализации. Сигнальный путь Ras/mapk в клетка млекопитающих.
- •61.Регуляция экспрессии генов на уровне организации днк. Регуляция активности генов обусловленная метилированием днк
- •62.Регуляция экспрессии генов на уровне транскрипции. Ответ говно выучить надо когда выйчишь лактозный и триптофановый оперон
- •63.Регуляция экспрессии генов на уровне созревания рнк. Регуляция экспрессии генов на уровне трансляции.
- •Редактирование рнк
5 5. Структура белков-регуляторов транскрипции и механизм их взаимодействия с днк.
Белки-регуляторы транскрипции взаимодействуют с ДНК путем формирования специфических водородных связей между аминокислотными остатками в ДНК-связывающий домен и основаниями ДНК. Это обеспечивает стабильность в связывании белка с ДНК. Белки могут притягивать или отталкивать компоненты транскрипционного аппарата, изменять доступность гена для транскрипционных факторов или модифицировать хроматиновую структуру, что в конечном итоге влияет на уровень транскрипции гена.
56. Сенсорные механизмы бактерий. Двухкомпонентные регуляторные системы: принцип действия и примеры. Сигнальные каскады у бактерий.
Бактерии способны улавливать и определять малейшие изменения в окружающей среде. Сенсорные системы бактерий похожи на подобные системы в клетках высших организмов.
2-х компонентные сенсорные системы:
У бактерий преобладают 2-х компонентные сенсорные системы, в них 2 белка регулируют передачу сигнала: 1-й белок сенсор, 2-й белок регулятор. Белок-сенсор реагирует на изменения определенных параметров окружающей среды, (напр., на концентрацию веществ), передает сигнал на белок-регулятор, который координирует поведение бактерий в зависимости от условий окружающей среды.
Механизм действия 2-х компонентных сенсорных систем: После поступления сигнала извне на белок-сенсор автофосфорилируется и воздействует на белок регулятор (находится рядом в ЦПМ), в котором при этом фосфорилируется Asp участок. После фосфорилирования белок-регулятор действует на определенные участки генома, регулируя активность определенных генов. Белок-регулятор может выступать в роли активатора, а также в роли репрессора.
Двухкомпонентная сигнальная система у патогенных микроорганизмов может приводить к инициации паразитического образа жизни и развитию инфекционного заболевания, а также формированию антибиотикорезистентности.
Если внешняя сигнальная молекула воздействует на рецепторы клеточной мембраны и активирует их, то последние передают полученную информацию на систему белковых компонентов мембраны, называемую каскадом передачи сигнала. Мембранные белки каскада передачи сигнала подразделяют на: белки-преобразователи, связанные с рецепторами; ферменты-усилители, связанные с белками-преобразователями (активируют вторичные внутриклеточные посредники, переносящие информацию внутрь клетки).
57.Общие принципы сенсорной регуляции. Передача информации через клеточную мембрану. Белковые каналы, транспортеры и рецепторы. Роль киназ и G-белков в регуляции. Сигнальный путь TGFb-Smad в клетках животных. Намешано но я отвечал это и норм было!
Сенсорные системы включают следующие компоненты:
1) сенсоры (трансмембранные или цитоплазматические), узнающий изменения окружающих условий;
2) внутриклеточные посредники, получающие информацию от сенсоров и передающие ее на эффекторы;
3) эффекторы − непосредственные регуляторы физиологического ответа (как правило, на уровне транскрипции).
Если сигнал воспринимается мембранными рецепторами, то схему передачи информации можно представить следующим образом
1) взаимодействие рецептора с сигнальной молекулой (первичным посредником);
2) активация мембранного фермента, ответственного за образование вторичного посредника;
3) образование вторичного посредника цАМФ, цГМФ, ИФ3 (инозитолтрифосфат), Са2+;
4) активация посредниками специфических белков, в основном протеинкиназ, которые фосфорилируя ферменты, оказывают влияние на активность внутриклеточных процессов.
В качестве сигнальных молекул могут выступать:
Неполярные вещества – проникают в клетку, проходя через липидный бислой (стероидные гормоны).
Полярные молекулы – в клетку не проникают, но связываются специфическими рецепторами клеточных мембран и вызывают цепь последовательных событий в самой мембране и внутри клетки (белковые гормоны, нейромедиаторы, факторы роста, цитокины, эйкозаноиды).
Воротный механизм белковых каналов регулируется двумя основными способами:
1) Электроуправляемые ворота – молекулярная конформация ворот или их химических связей соответствует электрическому потенциалу на клеточной мембране.
2) Хемоуправляемые (лигандуправляемые) ворота – открываются при связывании с белком химического вещества лиганда.
Рецепторы
Первого типа – интегральные белки, содержащие субъединицу, имеющую центр для связывания сигнальной молекулы и центральный ионный канала.
Второго – локализованные в мембранах и не связанные с каналами.
-каталитические рецепторы, обладающие собственной тирозинкиназной или гуанилатциклазной активностью,
-рецепторы, взаимодействующие через G-белок с мембранным ферментом.
Киназы и G-белки играют ключевую роль в регуляции сигнальных путей в клетках. Киназы - это ферменты, которые катализируют передачу фосфатной группы от одной молекулы к другой, изменяя их активность.
G-белки, или гетеротримерные G-протеины, являются важными посредниками межклеточных сигналов. Они передают сигнал от рецепторов киназ или другим клеточным компонентам, что в конечном итоге приводит к изменению клеточной активности.
Сигнальный путь TGFb-Smad в клетках животных - это один из ключевых сигнальных путей, отвечающих за регуляцию клеточного роста, дифференцировки, а также ремоделирование экстрацеллюлярной матрицы. Когда белок TGFb связывается с рецепторами на клеточной мембране, происходит активация ряда киназ и G-белков, в результате чего фосфорилируются и активируются белки Smad. Активированные белки Smad затем перемещаются в ядро клетки, где они регулируют экспрессию генов, связанных с клеточным ростом и дифференцировкой.
58. G-белки как компоненты сигнальных путей эукариот. Механизм активации тримерных G-белков внеклеточными сигналами. Пример сигнального пути с участием тримерного G-белка.
G-белки - это семейство белков, которые осуществляют трансдукцию сигнала от мембранных рецепторов к эффекторным ферментам и ионным каналам. Каждый из этих белков состоит из трех отдельных субъединиц, обозначаемых α, β, у в порядке снижения молекулярной массы; α-субъединица тримера связывает гуаниннуклеотиды и является главным посредником влияния G-белков на их эффектор. Основной функцией β- и γ-субъединиц тримера является поддержка взаимодействия α-субъединицы с плазматической мембраной и рецепторами.
Механизм активации тримерных G-белков внеклеточными сигналами происходит следующим образом:
Активация G-белка происходит при взаимодействии с комплексом активатор-рецептор, изменение конформации G-белка снижает сродство α-субъединицы к молекуле ГДФ и увеличивает к ГТФ. Замена ГДФ на ГТФ в активном центре G-белка нарушает комплементарность между α-ГТФ и βγ-субъединицами.
Активированная α-субъединица G-белка (α-ГТФ) взаимодействует со специфическим белком клеточной мембраны и изменяет его активность. Такими белками могут быть ферменты аденилатциклаза, фосфолипаза С, фосфоди-эстераза цГМФ, Nа+-каналы, К+-каналы.
Один из примеров сигнального пути, включающего тримерный G-белок, - это сигнальный путь бета-адренорецептора. При активации бета-адренорецептора, связывающегося с адреналином или норадреналином, происходит активация тримерного G-белка. Активированный G-белок затем стимулирует аденилатциклазу, что приводит к повышению уровня циклического аденозинмонофосфата (циклического амп), что в свою очередь активирует белок-киназу A и запускает целый каскад реакций клеточного ответа.