- •1. Геномы основных групп организмов: размеры, число генов и их организация. Взаимосвязь организации генома со сложностью организма и особенностями базовых молекулярно-биологических процессов.
- •2. Организация хромосом различных организмов.
- •7. Вилка репликации днк: ферменты и их свойства.
- •8. Стадии репликации.
- •9. Механизм репликации у e.Coli.
- •10. Особенности репликации у эукариот. Ori у дрожжей, их структурно-функциональная организация. Принципы контроля инициации репликации днк эукариот.
- •11. Синтез теломер.
- •12. Повреждения днк в клетке.
- •13. Прямая репарация оснований.
- •14.Механизмы эксцизионной репарации днк (эксцизия нуклеотидов, оснований).
- •15. Репарация ошибок репликации днк (мисмэтч репарация).
- •17.Роль рекомбинационных процессов в репарации повреждений днк. Арест, реверсия и рестарт репликационной вилки.
- •19.Основные типы мобильных генетических элементов эукариот: структура, гены и их продукты.
- •20.Механизм транспозиции ретровирусоподобных ретротранспозонов.
- •21. Общая, или гомологичная, рекомбинация.
- •22.Рекомбинация у бактерий.
- •24.Сайтспецифическая рекомбинация. Молекулярный механизм действия рекомбиназ. Интеграция фага 1 Типы хромосомных перестроек,mосуществляемых при сайтспецифической рекомбинации.
- •26.Промотор прокариот и механизм его распознавания рнк-полимеразой. Альтернативные s-факторы(этого калла нет, но есть не s факторы а сигма, что и описаны ниже). Стадии транскрипционного цикла.
- •27.Промоторы эукариот: размеры, положение, структура и механизм
- •28.Регуляция процесса транскрипции прокариот. Лактозный и триптофановый опероны. Про опероны (изучите как они работают в различных ситуациях, здесь такого нет!!!!)
- •29. Нематричный синтез рнк.
- •30. Информационная рнк, ее структура и функциональные участки, различия у про-и эукариот. Модификация 5'- и 3'-концов транскриптов и ее значение.
- •31. Интроны. Особенности структуры и механизмы сплайсинга. Аутосплайсинг.
- •32. Сплайсинг пре-тРнк.
- •34. Транс-сплайсинг и альтернативный сплайсинг: механизмы, роль, распространение, примеры.
- •35. Процессинг тРнк
- •37. Транспортные рнк: первичная, вторичная и третичная структура, роль модифицированных нуклеотидов.
- •38. Аминоацилирование тРнк. Аминоацил-тРнк-синтетазы, их структура и механизм действия. Специфичность аминоацилирования, механизмы ее контроля.
- •41. Последовательность событий при инициации трансляции эукариот. Белковые факторы, взаимодействующие с рибосомой и с мРнк.
- •42. Механизм элонгации полипептидной цепи в процессе трансляции.
- •44. Ингибиторы синтеза белка
- •45. Молекулярные шапероны семейства Hsp60. Рабочий цикл шаперонина GroEls
- •46. Классы генов теплового шока у b. Subtilis. Рабочий цикл шаперонного комплекса DnaKj-GrpE
- •47. Деградация белка: атф-зависимые протеазы прокариот и 26s-протеасома эукариот. Насчет атф-зависимые протеазы не точно!!!
- •48. Механизм распознавания аномальных белков. Система убиквитинирования белков эукариот
- •49. Секреция белков прокариот: Sec-аппарат и сигнальный пептид (лекция)
- •50. Принципы распределения белков по компартментам клетки эукариот.
- •51. Транспорт белков в митохондрии и хлоропласты, контроль локализации белков внутри этих органелл.
- •52. Устройство и принципы действия бактериальных систем секреции белков.
- •53. Котрансляционная транслокация белка в полость эндоплазматического ретикулума. Srp-частица и ее рецептор.
- •54. Механизм транспорта белков через ядерные поры.
- •5 5. Структура белков-регуляторов транскрипции и механизм их взаимодействия с днк.
- •56. Сенсорные механизмы бактерий. Двухкомпонентные регуляторные системы: принцип действия и примеры. Сигнальные каскады у бактерий.
- •59. Сенсорные механизмы эукариот. Общие принципы детекции и передачи сигнала. Сигнальный путь jak-stat.
- •60.Типы рецепторных протеинкиназ. Механизмы их активации и дальнейшей передачи сигнала. Контроль специфичности сигнализации. Сигнальный путь Ras/mapk в клетка млекопитающих.
- •61.Регуляция экспрессии генов на уровне организации днк. Регуляция активности генов обусловленная метилированием днк
- •62.Регуляция экспрессии генов на уровне транскрипции. Ответ говно выучить надо когда выйчишь лактозный и триптофановый оперон
- •63.Регуляция экспрессии генов на уровне созревания рнк. Регуляция экспрессии генов на уровне трансляции.
- •Редактирование рнк
51. Транспорт белков в митохондрии и хлоропласты, контроль локализации белков внутри этих органелл.
Митохондрии
Белки, импортируемые в митохондриальный матрикс, обычно поступают из цитозоля в течение одной - двух минут после их отделения от полирибосом. Белки имеют сигнальную последовательность. Эта последовательность - специальная метка для правильной доставки. Процессу импорта помогают шапероны, они связываются с белком, пока тот находится еще в цитоплазме. При связывании затрачивается энергия АТФ. Шапероны разворачивают белок так, чтобы он смог пройти сквозь мембрану. Белки переносятся в матрикс митохондрии через зоны слипания, связывающие внешнюю и внутреннюю мембраны. Для этого переноса требуется гидролиз ATP, а также электрохимический градиент на внутренней мембране.
После поступления белка в митохондрию сигнальный пептид быстро удаляется при помощи специфической протеазы (сигнальной пептидазы) матрикса и затем, вероятно, деградирует в матриксе до аминокислот. Сигнальный пептид может быть исключительно простым.
На втором этапе транспорта белок может переноситься во внутреннюю мембрану. Для этого он должен иметь еще гидрофобный сигнальный пептид; этот пептид открывается после удаления первого сигнала.
Хлоропласты
Транспорт белков из цитоплазмы в хлоропласт происходит очень активно. Без него было бы невозможно построение внутренней структуры хлоропласта. При этом одни белки, синтезированные в цитоплазме для хлоропласта, встраиваются в мембраны хлоропластной оболочки, другие направляются в строму, третьи встраиваются в тилакоидные мембраны или, проходя через них, оказываются во внутреннем пространстве "тилакоидного мешка".
В ядерных генах, кодирующих хлоропластные белки, записана информация не только об их структуре, но и об их локализации в хлоропласте. Адрес белка содержится в специальной транзитной аминокислотной последовательности, локализованной в начале синтезируемой белковой цепи хлоропластного белка (на N-конце) . Транзитная последовательность находит рецептор на наружной мембране хлоропласта и обеспечивает прохождение через нее полипептида. Затем специальный фермент стромы, специфическая пептидаза, узнает транзитную последовательность и отрезает ее от белка, гидролизуя одну пептидную связь. Освобожденный от транзитного пептида белок встраивается в соответствующие ферментные комплексы в строме. Если же белок предназначен для тилакоидной мембраны, дополнительная сигнальная последовательность помогает ему найти свое место в этой мембране или даже пройти через нее. После этого дополнительная сигнальная последовательность отрезается от белка пептидазой тилакоида, которая гидролизует одну пептидную связь, соединяющую сигнальную последовательность с основным белком. Так происходит доставка хлоропластных белков к месту их действия.
52. Устройство и принципы действия бактериальных систем секреции белков.
Секреторный аппарат I типа (Sec- независимый)
не имеет сигнальных пептидов
не использует общесекреторный путь, зависимый от Sec-генов
белки в процессе секреции полностью минуют периплазму и секретируются во внешнюю среду
состоит из 3 белков.
1 принадлежит к классу АТФаз - АВС-транспортер, являющийся цитоплазматическим
2 белок -димеровый- который обеспечивает слияние цитоплазмы и наружной мембраны , образуется канал
3 белок - швейцар, локализован во внешней мембране. Функция - запирать мембранный канал, когда субстрат отсутствует
Сигнал для секреции через аппарат I типа располагается на С-конце секреторных аппаратов распознаёт характерные последовательности вторичной структуры две α спирали
2-ой путь (Sec-зависимый )
.Через него транслируются разнообразные белки.
В связи с большим числом субстратов аппорат 2 типа называют общим секреторным путем .
Секреция белков идет в 2 стадии
1.Сначала они транспортируются через цитоплазматоческую мембрану в случае грамм положительных бактерий.Их секреция там заканчивается.
2 .Белки грамм отрицательных бактерий оказываются в переплазме и либо остаются там, либо встраиваются во внешнюю мембрану, либо секретируются во внешнюю среду посредством одной из терминальных путей GSP
3-ий путь секреции (инжектосомная )
1.Доставляет секретируемые белки прямо в клетку мешень
2.активация секреции происходит только при соприкосновении бактерий с клеткой мишенью
3.секреция белков эффекторов происходит через шприцеподобную структуру состоящую из 20 разных белков
4.при контакте с клеткой мишенью белки полимеризуются и образуют канал пронизывающий внутреннею и наружную мембрану, а на поверхности формируют длинную пилиподобную структуру.
5.канал в области наружней мембраны стабилизируется кольцеподобной структурой с большой центральной порой
6.когда инжектосома сформировалась секретируемый белок с сигнальным пептидом на N-конце связывается с цитоплазматическим шапероном, транспортируется по каналу и впрыскивается в клетку мишень
4 тип секреции
5 тип секреции
устроен наиболее просто и включает белки, секретируемые автотранспортным механизмом
эти белки обладают всем необходимым для транспорта и состоят из 3 доменов
1 домен - сигнальная последовательность на N-конце, которая инициирует транспорт через цитоплазматическую мембрану
2 домен - транслокационный эффектор
3 домен - автотранспортные частицы или С- домен , необходимый для секреции через наружную мембрану
Сигнальная последовательность транспортирует эффектор к цитоплазматической мембране, откуда белок транспортируется далее в периплазматическое пространство
Далее при помощи автотранспортного домена эффектор транспортируется через наружную мембрану, меняет конформацию и высвобождается от С-домена аутопротеолизом
В результате образуется стабильный белок.