Презентации 2020 / 03-20-GP-SequencingHumanGenome
.pdfСеквенирование Illumina - принцип метода
1. ДНК фрагментируют и |
3. Через ячейку пропускают |
лигируют к фрагментам |
реагенты для достраивания |
адаптеры |
второй цепи ДНК |
5. Стадии 3-4 повторяются 30-35 раз
6. Каждый фрагмент оказывается окружен группой идентичных молекул («кластеры»).
2.ДНК пропускают через каналы
ячейки, |
покрытые |
праймерами, |
4. Двуцепочечные фрагменты |
комплементарными концам адаптеров |
денатурируют |
Секвенирование Illumina - принцип метода
7. Через ячейку пропускают
реагенты (флуоресцентно меченые терминированные dNTP и полимеразу)
10. Повторение 7-9 нужное число раз (50300). Число циклов соответствует длине
чтения. |
8. На ячейку светят лазером |
|
|
|
и проводят съемку. |
9. Через ячейку пропускают реагенты, отщепляющие флуорофор и терминатор
Illumina – преимущества и недостатки
Преимущества:
•высокая точность
•универсальность
•доступность ПО для обработки и анализа результатов
•наименьшая цена получаемых данных (в расчете на нуклеотид)
Недостатки
•высокая цена реагентов
•проблемы с секвенированием матриц с низкой сложностью
•большая длительность
прогона
•ошибки в GC-богатых
участках
HiSeq 3000/4000:
Стоимость
секвенирвоания ~в 2 раза ниже
Международный проект: «Геном человека» 1988-2007
Геном человека: 23 пары хромосом,
20-25 тыс. генов, 3 млрд гаплоидный
1990 – старт под рук. Джеймса Уотсона и NIH
2002 – первая сборка полного генома Ч
2006 – завершение расшифровки генома Ч
2007 – первый вариант ГЧ, оцифрованный
полностью, 454 техно-я, $ 1 млн
2016 – проекты млн геномов по ~ $2 тыс
При этом финишная сборка даже референсного генома человека до сих пор не завершена, около 8% не секвенировано (часть гетерохроматина с повторяющимися п.
1998 - частная компания «Celera Genomics» Крейга Вентера параллельно запустила свой проект ГЧ. Цель – более быстрое и дешевое секвенирование
Геномика и протеомика
Проекты HapMap и 1000 геномов – гаплотипные карты
2002 |
2008 |
270 |
> |
4 поп |
1000 |
описание общих паттернов генетических вариаций человека
IGSR: The International Genome Sample Resource – публичный каталог вариаций генотипов и отдельных геномов человека, 2,504 обр. с 5-х мест Земли
Африк-ий, америк-ий, восточно-азиатский, европ-ий, южно-азиатский